不做研究則不發言
不過在清華，由于當時學習蘇聯，基礎課脫離了科研，王明貞也基本脫離了科學研究，轉向物理學教育方向。顧秉林回憶上世紀八十年代的在廈門舉行的統計力學會議時，會議主辦方通過顧秉林邀請王明貞，希望她能做大會主旨發言時，王明貞委婉地拒絕了邀請，“好久沒做研究工作了，就不去了。”
曾被投入秦城監獄
回國后的王明貞不習慣各種運動。她的同事黃賀生記得，在“文革”之初，“她話非常少，開會時除非非得發言表態才說話。”
但王明貞仍沒有逃過這一劫。1966年，她被關進了秦城監獄。她后來跟同事鄭福裕回憶說，在監獄里每天都鍛煉身體，“提醒自己不能死，一定要活下去，一定要還自己一個清白。”
在度過了兩千多天的鐵窗生涯后，1973年11月9日王明貞出獄了。
王明貞是清華大學首位女博士女教授，清華大學對她作出了這樣的評價：“王明貞先生為我校統計物理學科的建設開創了先河。她以其廣博而深厚的平衡態和非平衡態統計理論融會于教學之中，形成了王氏風格。王先生擔任統計物理熱力學的教學工作，為培養我國自己的物理學家、工程物理學家作出了重要貢獻。”
