協議還明確了雙方合作機制，主要有建立雙方高層領導互訪機制、部門間協商推進機制、落實戰略合作聯系單位等內容。
6個部門間合作協議同樣內容豐富：——高等教育合作協議：京豫兩地各提出7所高校，即北京的北京工業大學、首都師范大學、首都醫科大學、首都經貿大學、北京工商大學、北方工業大學、北京聯合大學，我省的河南科技大學、河南師范大學、河南財經政法大學、新鄉醫學院、鄭州航空工業管理學院、鄭州工程技術學院、信陽職業技術學院，在學術交流、人才培養、協同創新、學科共建等方面，通過一對一模式開展全方位合作。
——科技合作協議：雙方將在搭建科技合作與交流平臺、促進技術轉移合作、探索開展協同創新等方面加強合作，共同推進大中型儀器、科技信息、情報文獻等科技資源的開放共享，鼓勵在京高校院所、企業及各類服務機構在河南省建設分支機構等。
——人力資源和社會保障合作協議：雙方將在建立高層次人才合作機制、就業和培訓交流、勞務合作交流等方面加強交流，聯合開展培養博士后，完善兩地間社會保險關系轉移接續機制，推進社會保險關系的順暢轉移等。
——經貿合作協議：雙方將在開放招商、商貿物流、產業合作等六個方面加強合作，支持兩地物流企業組建戰略聯盟，推動雙方有條件的企業開展國際產能合作、參與海外能源資源開發利用，構建河南蔬菜等農產品進京快捷通道等。
——旅游合作協議：雙方將在推動區域旅游融合發展、加強兩地旅游產品合作開發等8個方面加強交流合作。
——南水北調合作協議：雙方將建立定期交流磋商制度，開展水質保護技術交流與合作，加強生態文明建設合作等。
