按照《十二五規劃》，三省將規劃項目分解為542個，其中水污染防治項目435個，水土保持項目107個。截至2014年底，已建成項目417個，占規劃項目的76.9%，達到了目標責任書確定的南水北調中線工程通水前70%項目建成的目標。
陜西省政府就明確，漢江、丹江水質保護的責任主體在地方政府，把水污染防治和水土保持任務，層層落實到各縣（區）政府和重點污染企業，責任到人，并逐級簽訂目標責任書。對污染治理項目建設月調度、季通報、年考核，并將水質保障工作納入縣區政府年度工作目標考核，實行“一票否決”。在項目建設過程中，把污染物總量控制作為項目環評的前置條件，嚴把項目審批準入門檻，從嚴控制重金屬、化工項目審批，全面推進排污許可證制度，從源頭上減少污染。
湖北省實行 “河長制”，協調推進5河污染治理工作，并提出了“前端截污治本、中端修復生態、末端治污達標”和“九先九后”的總體思路，明確要求5河治理不講理由、不講條件、不惜血本、不計代價。要抓緊構建全流域“截污、清污、減污、控污、治污”綜合治理體系，努力實現“水清、河暢、岸綠、景美”的目標。
河南省水源區各縣市堅持發展中保護、保護中發展，走綠色發展之路的理念，積極轉變經濟發展方式，大力調整產業結構，發展綠色、低碳、循環經濟。目前，在水源區已經初步形成了一批茶葉、金銀花、獼猴桃、食用菌、中藥材等生態產業帶，走出了一條綠色發展之路。西峽縣獼猴桃種植面積已達10萬畝，野生獼猴桃面積達30萬畝，中藥材30萬畝。西峽縣299個行政村中，“果藥菌”產業“一村一品”達160個，涉及20萬農民。淅川縣在丹江口庫區種植茶葉3萬畝、金銀花2.8萬畝、薄殼核桃1萬多畝。淅川縣計劃利用5年時間，高標準建設13萬畝優質茶產業種植基地和10萬畝優質金銀花種植基地，力爭將淅川建設成為全國有機茶生產集散地和全國最大的金銀花產業基地，將丹江口庫區打造成全國生態示范區。
庫區水質保護是對水源地的水質保護，干線工程的水質保護則是對輸水過程的水質保護。
“根據《南水北調中線一期工程水質監測方案》，我們每月對全線的29個固定監測斷面的24個基本項目，以及集中式生活飲用水地表水源地補充項目硫酸鹽，開展常規監測，結果顯示，正式通水以來，各斷面監測結果均達到或優于地表水Ⅱ類水質標準，硫酸鹽濃度遠低于國家規定的濃度限值，水質穩定達標，滿足供水要求。”南水北調中線建管局水質中心相關負責人對于輸水水質給出了專業應答。
不同于實驗室中的科學數據，位于北京市南三環的居民楊大媽，對于輸水水質及通水前后的水質變化有著更為切身的體會與直觀的認知。“自從調來了丹江口的水，水垢少了好
