中國的科研院所企業化轉制始于上世紀末。當時，一方面長期計劃經濟下形成的傳統科研院所管理體制存在著完全依賴財政撥款、研究的針對性和適用性不高、大量科研成果無法產生經濟效益等嚴重弊端，完全不適合經濟發展需要；另一方面我國開始實施國家科技戰略，迫切需要有效整合科技與產業資源，不斷增強科技創新能力和創富效應。針對這一矛盾，我國政府1999年啟動科研院所大規模轉制的進程，迄今為止，大部分科研院所已經在形式上完成了從事業單位向企業的轉變。10多年的轉制過程取得了諸多成功經驗，也留下不少問題。
有鑒于此，本文將以東軟集團、中聯重科兩家典型企業的改制、發展來分析科研院所企業化轉制的得失。
從大學研究室發展成為中國軟件行業領頭羊的——東軟
東軟的轉制和誕生、成長幾乎同步，東軟走出大學校園、融入社會，成為一個真正意義上的軟件企業可以分為三個階段。
第一階段東軟完成了由大學研究室向校辦企業的轉變。
1988年，美國留學歸國博士、東北工學院教授劉積仁與幾名青年教師一起仿照美國國家標準局實驗室運營模式、以3萬元課題經費成立了“計算機網絡工程研究室”，后改為“東北大學軟件中心 ”，這就是東軟的前身。1991年，為擴大成果轉移規模、吸收國外風險投資，“東北大學軟件中心 ”，成立校辦企業性質的“東北工學院開放軟件系統開發公司”，同年與出資30萬美元的日本ALPINE株式會社合資成立“沈陽東工阿爾派音軟件研究所”。 第二階段東軟由校辦企業轉變為股份化、社會化企業。
1992年“東北工學院開放軟件系統開發公司”進行股份制改造，除國家、學校外，25%股份由員工持有，還引入了社會投資者-當地建設銀行建行；1993 年公司與“沈陽東工阿爾派音軟件研究所”合并成為“東大阿爾派軟件股份有限公司”；1996年，東大阿爾派成為第一個在國內資本市場上市的軟件企業；同年為加強投資管理，成立了控股公司“東軟集團”。
第三階段是東軟資本結構和公司治理的持續優化的階段。
1998年起東軟先后引入寶鋼、阿爾派、Intel 、飛利浦、東芝、SAP等國內外著名企業參股成為戰略投資者；同時東軟董事會外部董事開始占據半數以上，獨立董事的人數占據三分之一，并成為一種不成文的慣例；2008年，東軟集團完成整體上市計劃。
東軟誕生、改制、發展過程中，資本運作和引入外力發揮了至關重要的作用。
1988年，東軟前身“東北工學院計算機系計算機軟件與網絡工程研究室”創立所依賴的3萬元資金由青年科學基金、“863”項目基金、撫順鋁廠各提供1萬元。1991年，合資方日本ALPINE株式會社提供了創業初期關鍵的30萬美元業務啟動資金；1992年， 公司進行股份制改造，除國家、學校外，25%股份由員工持有，還引入了社會投資者—當地建設銀行，企業由此獲得了建行的融資支持和便利，改制完成為東軟上市奠定基礎；1996年，東大阿爾派股票在上海證券交易所上市，募集資金1億元。
東軟上市后，資本運作開始成為締結戰略合作的重要手段。1996年，東軟與東芝成立東東系統集團公司(后更名為東軟商用軟件事業部)；2004年，東軟與飛利浦合資成立了東軟飛利浦醫療系統有限責任公司；2006年，全球商用軟件巨頭SAP向東軟集團注資約1000萬歐元，約占東軟集團2%股份，兩家結成戰略合作伙伴關系；2006年，英特爾向東軟一次性投資4000萬美元 ，并與東軟在多個領域展開深度合作。
同期，東軟還通過資本運作不斷優化股本結構和公司治理。2001年，東軟將阿爾派和東芝股權上移到“東軟集團 ，使東軟品牌整合更加順暢；2006年，東軟完成股權分置改革并改革董事會，使外部董事占董事會的半數以上，獨立董事的人數占董事會人數的三分之一 ;2008年，東軟集團完成整體上市計劃，實現東軟集團與上市公司一體化，使股東的關系和利益更加集中，管理者的目標更加集中，組織更加簡化和有效率。
東軟確立規模化、國際化的全新發展戰略后，資本運作開始擔負起兼并重組、收購擴張的職能，強化和提升了東軟在軟件細分市場和海外市場的競爭力。2004年收購南京航星煙草軟件業務，大大提升了東軟在煙草行業的競爭能力和市場占有率；2008年收購芬蘭SESCA旗下3個手機軟件設計公司，使東軟一躍成為中國乃至全球手機嵌入式軟件的領軍者；2008年收購收購德國哈曼旗下子公司ISG業務，顯著提升東軟在汽車電子軟件市場的全球交付能力；2009年收購浙江海科電力軟件技術有限公司電力業務，強化了東軟在電力行業市場競爭實力。
歷經20年，東軟已經由3萬元起家的大學研究室發展成為資產60億、年收入40億、市值200億的國內領先IT解決方案與服務供應商。目前擁有員工 16000余名，在中國建立了6個軟件研發基地，8個區域總部，16個軟件開發與技術支持中心，在40多個城市建立營銷與服務網絡，在大連、南海、成都和沈陽分別建立3所東軟信息學院和1所生物醫學與信息工程學院；在美國、日本、歐洲、中東設有子公司。
東軟的成功，除去先天的不起眼的“小”和半體制外的束縛較少，更重要是對外部資源的開放性引入，不僅是資本運作帶來的資金，還包括國際成功科研經驗與機制、先進管理文化與理念、優秀伙伴與人才。這種開放性引入還讓持續成功的東軟能不斷認知到自身同國際領先企業之間的差距和不足，從而長期不懈怠保持追趕提升和改善創新的動力。
