日本櫻花健康保險基金來自于保險費和國家財政補助，二者構成健康保險的財源。不同體制的保險組織，財源亦有區別：
(1)政府管理的健康保險：以中小企業為保險對象， 保費支付標準多以報酬月額比例交納，個人與雇主、政府三方共同承擔費用、共同獲益，是比較合理的財政負擔形式。
(2) 健康保險社團：以大企為對象。企業、國家、個人三方出資。企業拿大頭，雇員拿中頭、國家拿小頭。依靠雇主和雇員繳納的保險費及少量的財政補貼作為財政來源。
政府管理的健康保險，三方負擔的比例常常以法律的形式固定下來，不易改變，而社團組織則比較靈活，自己可以隨時改變，并通過企業內部有效地控制基金費用。
(3)國民保健保險：以低收入階層、農民、一般居民為對象。 實際上是一種依賴國家財政的救濟福利式保險。保險基金由投保人交納的保費和政府少量的補貼構成，財源力量很薄弱。
總之，日本的健康保險從框架上仍然屬于傳統的健康保險機制，但由于法律健全，管理監督系統嚴密，從而使日本的健康保險制沿著自己的軌道正常運行。且較西方單一的健康保險模式更為精細的保險制度。
